The interactions of antiviral drugs and a phosphonium fluorescent dye with proteins as revealed by a multiple ligand simultaneous docking

Анотація

Для дослідження можливості розробки наноносіїв на основі білків, в яких терапевтичні засоби (антивірусні препарати) комбінуються з візуалізуючим агентом (фосфонієвим барвником TDV), використано техніку одночасного мультилігандного докінгу. Варіюючи в досліджуваних комплексах як білкові (сироватковий альбумін, лізоцим, цитохром c, інсулін), так і антивірусні компоненти (фавіпіравір, мольнупіравір, нірматрелвір, ритонавір), показано, що в системах з цитохромом c та альбуміном TDV та антивірусні барвники займають різні місця зв’язування на молекулі білка, не взаємодіючи один з одним. Виявлено, що тенденція TDV взаємодіяти з тією ж порожниною інсуліну, що і антивірусний препарат, може заважати вивільненню препарату з наноносія. Наші результати свідчать, що найбільш перспективні енергетично стійкі системи білок–препарат–TDV для розробки наноносіїв на основі білків з дослідженими антивірусними препаратами можуть бути створені на основі сироваткового альбуміну.